A história centra-se em um ser humano invocado para Arquivo Island por Jiji mon
La historia se enfoca en un humano invocado a la Isla File por Jiji mon para que salve la Isla. Los monstruos han perdido sus recuerdos, y se han vuelto salvajes, abandonando la Ciudad File, la metrópolis de la Isla. El objetivo del jugador, encarnado en un joven niño cuyo nombre es "Hero/Hiro" (el nombre típico de los personajes en los juegos RPG japoneses), es salvar la Isla, ayudando a los Monstruos a recuperar sus recuerdos y hacer que vuelvan a la ciudad. Al final del juego, deberá enfrentarse al malvado Analog-man, un humano que quiere esclavizar a todos los Monstruos.