Officiële aanvraag van de gemeente Pernek
Vanuit administratief-bestuurlijk perspectief maakt Pernek deel uit van de regio Bratislava en het noordelijke district Malacky. Het ligt op de grens van het vlakke gebied van het zuidelijke deel van het laagland van Záhorská en de uitlopers van de Kleine Karpaten. Door zijn strategische ligging vormt het een kruispunt tussen belangrijke steden en dorpen in de regio zoals Malacky, Rohožník, Pezinok en Bratislava. De verbinding Pernek - Pezinská Baba - Pezinok vormt een van de weinige kruispunten door de Kleine Karpaten. Pernek grenst aan de kadasters van Jabloňové, het militaire district Záhorie, Kuchyňa en Pezinok. De nabijheid van Bratislava (slechts 40 km) en de bewaard gebleven schoonheid van de natuurlijke diversiteit maken Pernek ideaal voor recreatie in de hoofdstad.