Dimer dice

DimerDice ช่วยให้มองเห็นสารประกอบเชิงซ้อนของไดอะรอสติกซูเปอร์โมเลกุลที่แตกต่างกันของเพปไทด์แบบวงจรใน Augmented Reality (AR) ไซโคลเพปไทด์ (CPs) ประกอบด้วยกรดอะมิโน is (cis-α, γ-aminocycloalkanecarboxylic กรดγ-Acas) สลับกับกรดอะมิโน (α, γ-CPs) เปปไทด์เหล่านี้มีγ-Acas สามารถออกแบบได้จาก D, L-α-CPs เดิมโดยเพียงแค่เปลี่ยนกรดα-amino ใด ๆ แทน for-Aca ที่มี chirality ที่เทียบเท่ากัน ตัวอย่างเช่นกรด L-amino สามารถถูกแทนที่ด้วย (1R, 3S) - ผู้ใช้ในขณะที่ (1S, 3R) -Acas จะแทนที่ D-enantiomers

ในฐานะส่วนหนึ่งของการศึกษาแบบ in vitro / in-silico ดำเนินการที่ Santiago de Compostela University เพื่อวิเคราะห์การจัดเรียงใหม่ที่ต้องการโดยα, γ-CPs อย่างลึกซึ้งเราได้สำรวจชุดค่าผสมที่เป็นไปได้ทั้งหมดที่อาจเกิดขึ้นเริ่มจากโมโนเมอร์สองคน เหมือนกัน enantiomers [1] วิธีการนี้ใช้การคัดเลือก N-methylation ของกลุ่มเอไมด์ซึ่งโปรตอนไม่ได้มีส่วนร่วมในปฏิกิริยาของพันธะไฮโดรเจน สารตกค้าง N-methylated ระบุไว้ในรูปของตัวติดตาม ขึ้นอยู่กับการรวมกันของโมโนเมอร์สามารถจัดเรียงแบบขนานหรือขนานได้

เมื่อชี้อุปกรณ์ไปที่ตัวติดตามแต่ละตัวแยกกันจะมีการดูภาพ AR ของโมโนเมอร์ที่เกี่ยวข้อง เมื่ออิมเมจของตัวติดตามของโมโนเมอร์สองตัววางใกล้กันโครงสร้างของตัวหรี่แสงที่เกิดขึ้นจากการรวมกันของเปปไทด์แบบวงกลมนั้นจะแสดงขึ้น

การเพิ่มประสิทธิภาพเชิงเรขาคณิตแบบเต็มรูปแบบของเครื่องหรี่และโมโนเมอร์ได้ถูกดำเนินการด้วยฟังก์ชัน B3LYP และชุดพื้นฐานแบบ 6-31G (d) การคำนวณ DFT ทั้งหมดที่รายงานในการศึกษานี้ดำเนินการด้วยแพ็คเกจ Gaussian 16

แอปพลิเคชั่นนี้พัฒนาขึ้นโดยมหาวิทยาลัย Santiago de Compostela (สเปน) และ MD.USE Innovative Solutions S.L. (www.mduse.com)

[1] ต้นฉบับในการเตรียมการ