Dimer dice

DimerDice اجازه می دهد تا مجتمع های دیمرمی فوق العاده مولکولی مختلف پپتیدهای حلقوی را در واقعیت افزوده (AR) تجسم کنید. پپتیدهای چرخه ای (CP) توسط اسیدهای α- آمینه (CIS-α ، γ-aminocycloalkanecarboxylic ، γ-Acas) متناوب با اسیدهای آمینه α (α ، γ-CP) تشکیل شده است. این پپتیدها حاوی γ-Acas را می توان از D ، L-α-CP های اصلی فقط با جایگزینی هر اسید آمینه α- برای γ-Aca از کایرالیت معادل طراحی کرد. به عنوان مثال ، اسیدهای آمینه L می توانند با (1R ، 3S) ایزومرها جایگزین شوند ، در حالی که (1S ، 3R) -Acas D-enantiomers را جایگزین می کند.

به عنوان بخشی از یک مطالعه in vitro / in-silico که در دانشگاه سانتیاگو د کامپوستلا انجام شد تا عمیقاً تجدید تنظیمات ترجیحی اتخاذ شده توسط α ، γ-CP شود ، ما تمام ترکیبات ممکن را که ممکن است از دو مونومر مختلف و مختلف آنها شروع شود ، بررسی کردیم. آنتیومرهای مربوطه. [1] این روش با استفاده از متیلاسیون N- انتخابی از گروههای آمید که پروتون در تعامل پیوند هیدروژن دخیل نیستند. باقیمانده N- متیله در شکل ردیابها نشان داده شده است. بسته به ترکیبی از مونومرها ، یک ترتیب موازی یا یک ضد اضطراب امکان پذیر است.

با استفاده از دستگاه به هر ردیاب جداگانه ، تصویر AR از مونومر مربوطه مشاهده می شود. هنگامی که تصاویر ردیاب دو مونومر نزدیک یکدیگر قرار می گیرند ، ساختار دیمر تشکیل شده توسط آن ترکیبی از پپتیدهای چرخه ای نشان داده شده است.

بهینه سازی هندسه کامل از دیمرها و مونومرها با عملکردی B3LYP و مجموعه پایه استاندارد 6-31G (d) انجام شد. تمام محاسبات DFT گزارش شده در این مطالعه با بسته بندی Gaussian 16 انجام شد.

این برنامه به طور خاص توسط دانشگاه Santiago de Compostela (اسپانیا) و MD.USE Innovative Solutions S.L. (www.mduse.com).

[1] نسخه خطی در آماده سازی.