NDKmol - 分子構造ビューア

NDKmol - 分子構造ビューア

== 概要 ==

NDKmol は Android 用の分子構造ビューアです。蛋白質や低分子の立体構造を表示できます。構造データは、RCSB PDB や NCBI PubChem から検索・ダウンロードできます。

NDKmol は WebGL/Javascript ベースの分子構造ビューアである GLmol とほぼ同等の機能を持っています。GLmol については http://webglmol.sourceforge.jp/index-ja.html をご覧ください。

== 機能 ==

現在、以下の機能があります。他にも多くの機能が開発中です。

* PDB ファイルの読み込み

* SDF/MOL ファイルの読み込み

* RCSB PDB または NCBI PubChem から構造データを検索・ダウンロード

* タッチ操作による分子の回転・平行移動・拡大縮小

* 各種表示方法

- 線

- 棒

- 球(ファンデルワールス半径)

- 主鎖トレース

- リボン

- 寄り紐(ストランド)

- 温度因子チューブ

- 核酸 ラダー

- 核酸 線

- 溶媒

* ベータシートの平滑化

* 各種着色

- 鎖ごと

- 二次構造 (SHEET/HELIXレコードに記載がある場合)

- 元素

- グラデーション

- 温度因子

- 極性・非極性

* 結晶学

- 単位胞表示

- パッキングの表示 (REMARKセクションに記載がある場合)

- 生物学的多量体(biological assembly)の表示 (REMARKセクションに記載がある場合)

== 使用方法 ==

起動すると自動的にポリン (PDBID: 2POR) を表示します。画面を指で触ることで回転できます。また、二本指によるピンチズームや移動にも対応しています。分子を拡大縮小したり移動するには、メニューボタンを押してモードを切り替えてください。

表示方法や色の切り替え、多量体やパッキングの表示など、全ての操作はメニューから行います。

他の PDB ファイルを読み込むには、PDBファイルを SDカード内の "PDB"フォルダに配置し、メニューの "Open" から読み込んでください。RCSB PDB や NCBI PubChem のサーバから直接構造を検索してダウンロードすることもできます。メニューから "検索してダウンロード" を選択してください。

== 連絡先 ==

プロジェクトのサイトは http://webglmol.sourceforge.jp/ です。ソースコードもここで配布しています。

ご意見・ご感想は、 http://sourceforge.jp/projects/webglmol/forums/ または

biochem_fan@users.sourceforge.jp までお気軽にどうぞ。

=== LICENSE notice ===

NDKmol itself is licensed under GNU Lesser General Public License as follows.

However, PDB files included as examples are under DIFFERENT conditions.

Please consult

http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/about_pdb/pdb_advisory.html

(You must RENAME PDB files if you modified it!)

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NDKmol - Molecular Viewer for Android

(C) Copyright 2011, biochem_fan

This program is free software: you can redistribute it and/or modify

it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published by

the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or

(at your option) any later version.

This program is distributed in the hope that it will be useful,

but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of

MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the

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