PHREEQC plus

Description et utilisation :

PHREEQC (auteurs : David L. Parkhurst, C.A.J. Appelo) est un code géochimique préféré utilisé pour la modélisation de la spéciation. Notre application apporte aux utilisateurs l'expérience de capacités étendues grâce à l'intégration de MOPAC (auteur: James JP Stewart), CHEMSOL (auteurs: Jan Florián, Arieh Warshel), XTB (auteurs: C. Bannwarth, E. Caldeweyher, S. Ehlert, A. Hansen, P. Pracht, J. Seibert, S. Spicher, S. Grimme, P. Shushkov, M. Stahn, H. Neugebauer, J.-M. Mewes, V. Asgeirsson, C. Bauer, J. Koopman. ) et DFTB+ (auteurs : B. Hourahine, B. Aradi, V. Blum, F. Bonafé, A. Buccheri, C. Camacho, C. Cevallos, M. Y. Deshaye, T. Dumitrică, A. Dominguez, S. Ehlert, M Elstner, T. van der Heide, J. Hermann, S. Irle, J. J. Kranz, C. Köhler, T. Kowalczyk, T. Kubař, I. S. Lee, V. Lutsker, R. J. Maurer, S. K. Min, I. Mitchell, C. Negre, T. A. Niehaus, A. M. N. Niklasson, A. J. Page, A. Pecchia, G. Penazzi, M. P. Persson, J. Řezáč, C. G. Sánchez, M. Sternberg, M. Stöhr, F. Stuckenberg, A. Tkatchenko, V. W.-z. Yu, T. Frauenheim) et d'autres codes open source. Toutes les espèces personnalisées non présentes dans les bases de données intégrées peuvent être calculées dans l'application et les résultats utilisés dans le modèle (en d'autres termes, une nouvelle base de données spécifique peut être construite séparément à chaque exécution). En outre, le package actuel contient de nombreuses bases de données non conventionnelles utilisant à la fois des données expérimentales et prédites/calculées provenant de grandes bases de données telles que CHNOSZ, ModelSEED, la bibliothèque d'Alexandria, KEGG et d'autres sources littérales.

À l'exception de l'état d'équilibre, le code prend également en charge la modélisation cinétique, pour laquelle les blocs de mots-clés respectifs peuvent être générés automatiquement sur la base du calcul précédent de l'état de transition. Comme alternative aux systèmes non aqueux, la modélisation de spéciation FastChem Cond est également disponible. Toutes les fonctionnalités du programme sont disponibles hors ligne.

Avertissement concernant la précision du calcul : MOPAC représente un compromis raisonnable entre la puissance de l'appareil/le temps de calcul et la précision de la prédiction pour une grande variété de types de composés allant des molécules de petite à moyenne taille. Cependant, la précision est limitée. Afin d'ajuster les énergies résultantes, le modèle COSMO de MOPAC ainsi que les modèles de solvatation CHEMSOL sont intégrés, bien que CHEMSOL soit initialement destiné à être utilisé en relation avec les structures et les charges calculées à des niveaux théoriques plus élevés. Par conséquent, toutes les constantes d’équilibre et de vitesse calculées doivent être traitées avec prudence et considérées comme une estimation approximative dans les cas où aucune donnée expérimentale (provenant des bases de données incluses) n’est disponible.

IMPORTANT !!!

Bien que cette application soit composée de codes et de ressources open source, les licences de certains composants obligent les utilisateurs à citer les références originales lors de la publication des résultats. Veuillez vérifier toutes les informations de licence sous les boutons « Licence » et « À propos de l'application ».

Tous les utilisateurs de l'application PHREEQC PLUS se conforment en la téléchargeant, en l'installant et en l'utilisant à toutes les conditions de licence des différents composants logiciels et assument la responsabilité de les conserver.

Code source de l'application : https://github.com/alanliska/PHREEQC-plus

Contact:

La compilation du code source pour Android ainsi que le développement de l'application Android ont été réalisés par Alan Liška ([email protected]) et Veronika Růžičková ([email protected]), de l'Institut J. Heyrovský de Chimie physique du CAS, v.v.i., Dolejškova 3/2155, 182 23 Praha 8, République tchèque.

Site Web : http://www.jh-inst.cas.cz/~liska/MobileChemistry.htm

Liste des logiciels tiers utilisés :

ACPDFVIEW, ANDROID SHELL, ARPACK, BLAS, CHEMSOL, CHIMESCALC, CPCM-X, CREST, DFTB+, DFTD4, EIGEN3, FASTCHEM Cond, GMP, GRAPHVIEW, LAPACK, LWONIOM, MBD, MCTC-LIB, MOPAC, MSTORE, MULTICHARGE, NUMSA, OPENBABEL, OPENBLAS, OPENMOPAC, OPSIN, PHREEQC, PLOTMS, PYTHON, QCXMS, S-DFTD3, STDA, TBLITE, TEST-DRIVE, TOML-F, TRANSPOSE, X11-BASIC, XTB, XTB4STDA.

Plus d'informations sur les licences et les références - veuillez vous référer aux informations de licence à l'intérieur de l'application.