PHREEQC plus

説明と使用方法:

PHREEQC (著者: David L. Parkhurst、C.A.J. Appelo) は、種分化モデリングに使用されるお気に入りの地球化学コードです。私たちのアプリケーションは、MOPAC (著者: James JP Stewart)、CHEMSOL (著者: Jan Florián、Arieh Warshel)、XTB (著者: C. Bannwarth、E. Caldeweyher、S. Ehlert、 A. ハンセン、P. プラハト、J. ザイベルト、S. スピッシャー、S. グリンメ、P. シュシコフ、M. スターン、H. ノイゲバウアー、J.-M. ミューズ、V. アスゲイルソン、C. バウアー、J. クープマン) および DFTB+ (著者: B. Hourahine、B. Aradi、V. Blum、F. Bonafé、A. Buccheri、C. Camacho、C. Cevallos、M. Y. Deshaye、T. Dumitrică、A. Dominguez、S. Ehlert、M . Elstner、T. van der Heide、J. Hermann、S. Irle、J. J. Kranz、C. Köhler、T. Kowalczyk、T. Kubař、I. S. Lee、V. Lutsker、R. J. Maurer、S. K. Min、I. Mitchell、C . ネグレ、T. A. ニーハウス、A. M. N. ニクラッソン、A. J. ペイジ、A. ペッキア、G. ペナッツィ、M. P. ペルソン、J. ジェザチ、C. G. サンチェス、M. スタンバーグ、M. シュテール、F. シュタッケンバーグ、A. トカチェンコ、V. W.-z。 Yu、T. Frauenheim) およびその他のオープンソース コード。組み込みデータベースに存在しないカスタム種はアプリ内で計算でき、その結果をモデルで使用できます (つまり、新しい特定のデータベースを実行ごとに個別に構築できます)。さらに、現在のパッケージには、実験データと、CHNOSZ、ModelSEED、Alexandria ライブラリ、KEGG およびその他の文字通りのソースなどの大きなデータベースからの予測/計算データの両方を利用した、多数の非従来型データベースが含まれています。

平衡状態を除いて、コードは動力学モデリングもサポートしており、以前の遷移状態の計算に基づいてそれぞれのキーワード ブロックを自動的に生成できます。非水系システムの代替として、FastChem Cond 種分化モデリングも利用できます。プログラムのすべての機能はオフラインでも利用できます。

計算精度に関する警告: MOPAC は、小型分子から中型分子までの多種多様な化合物タイプについて、デバイスの能力/計算時間と予測精度との間で合理的な妥協点を示しています。ただし、精度には限界があります。得られるエネルギーを調整するために、MOPAC の COSMO モデルと CHEMSOL 溶媒和モデルが統合されていますが、CHEMSOL は本来、より高いレベルの理論で計算される構造と電荷に関連して使用されることを目的としています。したがって、計算されたすべての平衡定数と速度定数は注意して扱う必要があり、(付属のデータベースからの) 実験データが利用できない場合には、大まかな推定値としてみなされる必要があります。

重要 ！！！

このアプリはオープンソースのコードとリソースで構成されていますが、一部のコンポーネントのライセンスでは、結果を公開するときにユーザーが元の参照を引用する必要があります。 「ライセンス」および「アプリについて」ボタンの下にあるすべてのライセンス情報をご確認ください。

PHREEQC PLUS アプリのすべてのユーザーは、個々のソフトウェア コンポーネントのすべてのライセンス条件をダウンロード、インストール、使用することで遵守し、それらを維持する責任を負います。

アプリのソースコード: https://github.com/alanliska/PHREEQC-plus

接触：

Android のソース コードのコンパイルと Android アプリ開発は、J. Heyrovský Institute of J. Heyrovský Institute の Alan Liška ([email protected]) と Veronika Růžičková ([email protected]) によって行われました。 Physical Chemistry of the CAS、v.v.i.、Dolejškova 3/2155、182 23 Praha 8、チェコ共和国。

ウェブサイト: http://www.jh-inst.cas.cz/~liska/MobileChemistry.htm

使用されているサードパーティ ソフトウェアのリスト:

ACPDFVIEW、ANDROID シェル、ARPACK、BLAS、CHEMSOL、CHIMESCALC、CPCM-X、CREST、DFTB+、DFTD4、EIGEN3、FASTCHEM Cond、GMP、GRAPHVIEW、LAPACK、LWONIOM、MBD、MCTC-LIB、MOPAC、MSTORE、MULTICHARGE、NUMSA、 OPENBABEL、OPENBLAS、OPENMOPAC、OPSIN、PHREEQC、PLOTMS、PYTHON、QCXMS、S-DFTD3、STDA、TBLITE、テストドライブ、TOML-F、TRANSPOSE、X11-BASIC、XTB、XTB4STDA。

ライセンスと参照に関する詳細 - アプリ内のライセンス情報を参照してください。