PHREEQC plus

Deskripsi & Penggunaan:

PHREEQC (penulis: David L. Parkhurst, C.A.J. Appelo) adalah kode geokimia favorit yang digunakan untuk pemodelan spesiasi. Aplikasi kami menghadirkan pengalaman kemampuan yang diperluas kepada pengguna karena integrasi MOPAC (penulis: James JP Stewart), CHEMSOL (penulis: Jan Florián, Arieh Warshel), XTB (penulis: C. Bannwarth, E. Caldeweyher, S. Ehlert, A. Hansen, P. Pracht, J. Seibert, S. Spicher, S. Grimme, P. Shushkov, M. Stahn, H. Neugebauer, J.-M. Mewes, V. Asgeirsson, C. Bauer, J. Koopman ) dan DFTB+ (penulis: B. Hourahine, B. Aradi, V. Blum, F. Bonafé, A. Buccheri, C. Camacho, C. Cevallos, M. Y. Deshaye, T. Dumitrică, A. Dominguez, S. Ehlert, M Elstner, T. van der Heide, J. Hermann, S. Irle, J. J. Kranz, C. Köhler, T. Kowalczyk, T. Kubař, I. S. Lee, V. Lutsker, R. J. Maurer, S. K. Min, I. Mitchell, C. .Negre, T. A. Niehaus, A. M. N. Niklasson, A. J. Page, A. Pecchia, G. Penazzi, M. P. Persson, J. Řezáč, C. G. Sánchez, M. Sternberg, M. Stöhr, F. Stuckenberg, A. Tkatchenko, V. W.-z. Yu, T. Frauenheim) dan kode sumber terbuka lainnya. Spesies khusus apa pun yang tidak ada dalam database bawaan dapat dihitung dalam aplikasi dan hasilnya digunakan dalam model (dengan kata lain, database baru yang spesifik dapat dibuat di setiap proses secara terpisah). Selain itu, paket saat ini berisi banyak database non-konvensional yang memanfaatkan data eksperimental serta prediksi/penghitungan dari database besar seperti CHNOSZ, ModelSEED, perpustakaan Alexandria, KEGG, dan sumber literal lainnya.

Kecuali dari keadaan setimbang, kode ini juga mendukung pemodelan kinetika, dimana masing-masing blok kata kunci dapat dihasilkan secara otomatis berdasarkan perhitungan keadaan transisi sebelumnya. Sebagai alternatif untuk sistem non-air, pemodelan spesiasi FastChem Cond juga tersedia. Semua fitur program tersedia secara offline.

Peringatan tentang akurasi komputasi: MOPAC mewakili kompromi yang masuk akal antara kekuatan perangkat/waktu perhitungan dan akurasi prediksi untuk berbagai jenis senyawa mulai dari molekul berukuran kecil hingga menengah. Namun keakuratannya terbatas. Untuk menyesuaikan energi yang dihasilkan, model COSMO dari MOPAC serta model solvasi CHEMSOL diintegrasikan, meskipun CHEMSOL pada awalnya dimaksudkan untuk digunakan sehubungan dengan struktur dan muatan yang dihitung pada tingkat teori yang lebih tinggi. Oleh karena itu, semua perhitungan keseimbangan dan konstanta laju harus diperlakukan dengan hati-hati dan dianggap sebagai perkiraan kasar jika tidak ada data eksperimen (dari database yang disertakan) yang tersedia.

PENTING !!!

Meskipun aplikasi ini terdiri dari kode dan sumber daya terbuka, lisensi untuk beberapa komponen mengharuskan pengguna mengutip referensi asli saat mempublikasikan hasilnya. Silakan periksa semua informasi lisensi di bawah tombol 'Lisensi' dan 'Tentang aplikasi'.

Semua pengguna aplikasi PHREEQC PLUS mematuhi dengan mengunduh, menginstal, dan menggunakannya dengan semua ketentuan lisensi masing-masing komponen perangkat lunak dan bertanggung jawab untuk menjaganya.

Kode sumber aplikasi: https://github.com/alanliska/PHREEQC-plus

Kontak:

Kompilasi kode sumber untuk Android serta pengembangan aplikasi Android dilakukan oleh Alan Liška ([email protected]) dan Veronika Růžičková ([email protected]), J. Heyrovský Institute of Kimia Fisik CAS, v.v.i., Dolejškova 3/2155, 182 23 Praha 8, Republik Ceko.

Situs web: http://www.jh-inst.cas.cz/~liska/MobileChemistry.htm

Daftar perangkat lunak pihak ketiga yang digunakan:

ACPDFVIEW, ANDROID SHELL, ARPACK, BLAS, CHEMSOL, CHIMESCALC, CPCM-X, CREST, DFTB+, DFTD4, EIGEN3, FASTCHEM Cond, GMP, GRAPHVIEW, LAPACK, LWONIOM, MBD, MCTC-LIB, MOPAC, MSTORE, MULTICHARGE, NUMSA, OPENBABEL, OPENBLAS, OPENMOPAC, OPSIN, PHREEQC, PLOTMS, PYTHON, QCXMS, S-DFTD3, STDA, TBLITE, TEST-DRIVE, TOML-F, TRANSPOSE, X11-BASIC, XTB, XTB4STDA.

Info lebih lanjut tentang lisensi & referensi - silakan lihat informasi lisensi di dalam aplikasi.