Juicebox VR

Explorar dados de sequenciamento de genomas Hi-C 3D em um ambiente de realidade virtual!

Juicebox VR cria uma representação da realidade virtual de dados gerados pelo método Hi-C para tridimensional sequenciação do genoma. Cada posição 2D na paisagem corresponde a um par de posições 1D, ou loci, no genoma humano de três mil milhões de letras de comprimento. A altura na posição 2D representa a frequência com que os dois genes estão em contacto no núcleo de uma célula.

Desde loci próxima colisão com freqüência em um outro, um enorme 'parede' de contatos de curto alcance corta a paisagem. Planaltos quadrados saindo da diagonal correspondem a domínios genômicas condensadas, chamados domínios de contato. Os picos no paisagem correspondem aos lacetes no genoma. Domínios de contato são frequentemente delimitadas por loops, razão pela qual os domínios quadrados freqüentemente têm picos em seu canto.

O controlador vai voar em qualquer direção que você olhar. Olhe para cima para um super salto.

Juicebox VR foi criado por Muhammad Shamim, Ido Machol, e Erez Lieberman Aiden.

Os dados são desenhados a partir de:

Suhas Rao *, Miriam Huntley *, Neva C. Durand, Elena Stamenova, Ivan Bochkov, Jim Robinson, Adrian Sanborn, Ido Machol, Arina Omer, Eric Lander e Erez Lieberman Aiden. A Map 3D do genoma humano na resolução kilobase revela Princípios da cromatina Looping, Cell (2014).

* Contribuíram igualmente

Note-se que os dados utilizados para gerar a paisagem é extremamente pequena região a partir de um, mapa completo de todo o genoma. O mapa de contato completo para o genoma humano é um trilhão de vezes maior do que este mapa.

Saiba mais sobre o nosso trabalho em www.aidenlab.org.

Música: Ascent por Stellardrone

IMPORTANTE: Para visualizar corretamente o aplicativo, um headset de realidade virtual, como o Google Papelão, Durovis Dive, ou Samsung engrenagem VR deve ser usado.