Juicebox VR

Juicebox VR erzeugt eine virtuelle Realität Darstellung von Daten von der Hallo-C Verfahren zur dreidimensionalen Genomsequenzierung. Jedes 2D-Position in der Landschaft entspricht einem Paar von 1D Positionen bzw. Loci in der drei Milliarden Buchstaben langen menschlichen Genoms. Die Höhe, in der 2D-Position darstellt, wie oft die zwei Loci in Kontakt sind in den Kern einer Zelle.

Da in der Nähe loci häufig ineinander stoßen, eine massive "Mauer" von kurzer Reichweite Kontakte halbiert die Landschaft. Platz Plateaus kommen von der Diagonale entsprechen verkürzten genomischen Domänen, genannt Kontakt Domains. Peaks in der Landschaft entsprechen den Schleifen im Genom. Kontakt Domains sind oft durch Schleifen begrenzt, weshalb die quadratischen Domänen häufig Spitzen in ihrer Ecke.

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Juicebox VR wurde von Muhammad Shamim, Ido Machol und Erez Lieberman Aiden erstellt.

Die Daten werden aus gezogen:

Suhas Rao *, Miriam * Huntley, Neva C. Durand, Elena Stamenova, Ivan Bochkov, Jim Robinson, Adrian Sanborn, Ido Machol, Arina Omer, Eric Lander und Erez Lieberman Aiden. Eine 3D-Karte des menschlichen Genoms in Kilobasen Auflösung enthüllt Grundsätze der Chromatin Looping, Cell (2014).

* Gleichermaßen beigetragen

Beachten Sie, dass die verwendeten, um die Landschaft zu generieren Daten ist eine extrem kleine Region von einer vollständigen, genomweite Karte. Der Vollkontakt Karte für das menschliche Genom ist eine Billion mal größer als dieser Karte.

Erfahren Sie mehr über unsere Arbeit zu www.aidenlab.org.

Musik: Aufstieg durch Stellardrone

WICHTIG: Um die App richtig anzuzeigen, sollte ein Virtual-Reality-Kopfhörer, wie Google Pappe, Durovis Dive oder Samsung Getriebe VR verwendet werden.