Juicebox VR

Khám phá Hi-C 3D dữ liệu trình tự bộ gen trong một môi trường thực tế ảo!

Juicebox VR tạo ra một đại diện thực tế ảo của dữ liệu được tạo ra bằng phương pháp Hi-C cho ba chiều gen. Mỗi vị trí 2D trong các cảnh quan tương ứng với một cặp vị trí 1D, hoặc loci, trong hệ gen của ba tỷ thư dài của con người. Chiều cao ở vị trí 2D hiện tần suất hai loci được tiếp xúc trong nhân của tế bào.

Từ gần loci thường xuyên chạm mặt nhau, một "bức tường" lớn của địa chỉ liên lạc tầm ngắn chia đôi cảnh quan. Cao nguyên vuông sắp tắt tương ứng chéo với các lĩnh vực gen đặc, được gọi là lĩnh vực liên lạc. Peaks trong cảnh quan tương ứng với các vòng trong hệ gen. Liên hệ với các lĩnh vực thường được phân định bởi vòng, đó là lý do tại sao các lĩnh vực quảng trường thường xuyên có các đỉnh ở góc của họ.

Các bộ điều khiển sẽ bay trong bất cứ hướng bạn nhìn. Nhìn thẳng lên cho một bước nhảy siêu.

Juicebox VR đã được tạo ra bởi Muhammad Shamim, Ido Machol, và Erez Lieberman Aiden.

Dữ liệu được lấy từ:

Suhas Rao *, Miriam Huntley *, Neva C. Durand, Elena Stamenova, Ivan Bochkov, Jim Robinson, Adrian Sanborn, Ido Machol, Arina Omer, Eric Lander và Erez Lieberman Aiden. Một bản đồ 3D của Human Genome tại Kilobase Nghị quyết tiết lộ nguyên tắc của Chromatin Looping, Cell (2014).

* Đóng góp như nhau

Lưu ý rằng các dữ liệu được sử dụng để tạo ra cảnh quan là một khu vực rất nhỏ từ một bản đồ toàn bộ gen. Các bản đồ liên hệ đầy đủ với hệ gen của con người là lớn hơn so với bản đồ này một nghìn tỷ lần.

Tìm hiểu thêm về công việc của chúng tôi tại www.aidenlab.org.

Âm nhạc: Ascent bởi Stellardrone

QUAN TRỌNG: Để xem đúng các ứng dụng, một tai nghe thực tế ảo, chẳng hạn như Google Tông, Durovis Dive, hay Samsung Gear VR nên được sử dụng.