Juicebox VR

Verken Hi-C 3D genoom sequencing data in een virtual reality omgeving!

Juicebox VR creëert een virtuele realiteit representatie van gegevens die zijn gegenereerd door de Hi-C-methode voor driedimensionale genoom sequencing. Elk 2D positie in het landschap overeen met een paar 1D posities of loci in de drie miljard letters lang menselijk genoom. De hoogte van de 2D positie weergeeft hoe vaak de twee loci in contact in de kern van een cel.

Sinds nabijgelegen loci vaak tegen het lijf loopt, een massale 'muur' van de korte-afstands contacten doorsnijdt het landschap. Vierkant plateaus komende uit de diagonaal overeen met gecondenseerde genomische domeinen, genaamd contact domeinen. Pieken in het landschap overeenkomen met lussen in het genoom. Contact domeinen worden vaak afgebakend door lussen, dat is waarom het plein domeinen hebben vaak pieken in hun hoek.

De controller zal vliegen in welke richting je kijkt. Kijk recht omhoog voor een super sprong.

Juicebox VR werd gemaakt door Mohammed Shamim, Ido Machol en Erez Lieberman Aiden.

De gegevens zijn afkomstig uit:

Suhas Rao *, Miriam Huntley *, Neva C. Durand, Elena Stamenova, Ivan Bochkov, Jim Robinson, Adrian Sanborn, Ido Machol, Arina Omer, Eric Lander en Erez Lieberman Aiden. Een 3D-kaart van het menselijk genoom bij kilobase Resolutie Onthult Principes van chromatine Looping, Cell (2014).

* Droegen ook

Merk op dat de gegevens die worden gebruikt om het landschap te genereren is een uiterst klein gebied van een volwaardige, genoom-brede kaart. De volledige contactgegevens kaart voor het menselijk genoom is een biljoen keer groter dan deze kaart.

Meer informatie over ons werk bij www.aidenlab.org.

Muziek: Ascent door Stellardrone

BELANGRIJK: Om goed te kunnen bekijken van de app, moet een Virtual Reality headset, zoals Google Karton, Durovis Dive, of Samsung Gear VR worden gebruikt.